La tradition orale a toujours enseigné que l’empereur Constantin avait édifié la première basilique Saint-Pierre sur l’emplacement même du tombeau du premier pape. Jusqu’au XXe siècle, on n’avait jamais cherché à valider ou infirmer cette croyance, les hommes de foi faisant à priori confiance à l’enseignement transmis de génération en génération. Mais, en 1939, un événement fortuit occasionne des fouilles archéologiques et entraîne chrétiens et scientifiques dans une véritable saga à la Indiana Jones.
L’actuelle basilique Saint-Pierre est dotée d’un niveau inférieur appelé « les grottes vaticanes » où sont enterrées de nombreux papes. Le niveau du sol de ces grottes correspond à peu près à celui de la première basilique, édifiée par l’empereur Constantin au IVe siècle. À sa mort en 1939, Pie XI manifeste le désir d’être enterré dans ces grottes, à côté de Pie X. Malgré l’exiguïté de l’endroit, le nouveau pape Pie XII est désireux de respecter les dernières volontés de son prédécesseur. Il décide alors de faire abaisser le pavement des grottes, afin d’élargir l’espace dédié au futur mausolée. En opérant les travaux, les ouvriers découvrent sous le pavement un espace vide où l’on distingue les vestiges d’un édifice funéraire. C’est ainsi qu’apparaît un troisième niveau, celui d’une vaste nécropole romaine.
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